在前面的讨论中，我们已经明确地知道了：常见病由于种种主观的或客观的原因，或不能准确地制定出符合疾病产生、发展、变化規律的治疗方案；或虽有正确的方案又不能形成医患之间相互理解、密切合作，以致不能圆满执行方案。而收不到“正气自复”、“邪毒自除”的治疗目的，留下了造成亚健康状态的根基，促成了各种与遗留隐患相对应的千奇百怪的疑难病的产生。
从因果关系来说，亚健康状态背后隐藏着的看不見的、用现代科技水平难以解释清楚的致病隐患，是一般性疑难病产生的根源；从量变到质变的转归是“形而上”的“道”与“形而下”的“器”之间的差异来解释，同样也是一种原因和结果之间的关系。
相同点在于：无论是原因与功能都是看不到的，在同一事物中，原因和功能性量变中所包含的看不见的物质的性质都是相同的；结果与质变后形成的物质所包含的性质也不会有什么差别。不同点在于：原因，量变与质变，结果所具有的物质含量的比例不同，前者是事物发展的源头，而后者则是发展的结果，原因和结果、量变到质变之间都有一个持续的、渐进的累积过程。用一句形象的话来描述这前后两者之间的关系：可以说前者是腹中胎儿，而后者则是青壮成人。或者说前者是刚刚顶上花瓣，而后者则是摆在货架上待卖的成熟了的秋后南瓜。瓜花和南瓜受环境因素的影响不同、它们所包含的成份也就差别各异。
亚健康、一般性疑难病、直到被称为绝症的各种恶性免疫病也一样，无一不是患者体内环境的产物，仅仅是大与小，轻与重，老与嫩而已，正如内经所说“阴阳者、万物之本始，变化之父母，生杀之权柄”。在天人感应条件下，自然界风雨晦明的变化不该出現而出現、或该出現而不出現，影响阴阳二气升、降、浮、沉的动态平衡规律，就势必使大自然出現与之相应的风、雨、冰、雪，或地震、或海啸、或大旱、或大疫等种种灾害频发的自然环境。使依托原有的自然运动規律生、长、化、收、藏的所有生物的生存条件受到影响，它们或进化、或退化、或消亡。相反，与改变后的自然規律相适应的新的物种，也会适时地应运而生。自然界生物生、长、化、收、藏的規律与人体内部种种微生物、种种寄生虫、乃至种种疑难病、种种被称为无药可治的绝症的产生，道理都是一样的即：环境因素。
人体内制化调控系统是始终保持着动态平衡的，体内的环境就是良好的，人体的健康就是有保障的。这就是“正气内存、邪不可干”这句经文所包含的意思。反之，则在亚健康状态出現之后，不引起高度重视，让残留余邪在体内长期存在。就势必因这些隐患对整体调控系统动态平衡的影响，使隐患滞留之处的毒邪呈現持续、渐进的累加态势，一方面导致气、血、津、液互生互化的功能衰减、输布失衡；另一方面邪聚之处所受的伤害不但持久得不到修复，还要在毒邪持续累加的恶劣条件下苦苦撑持。机体局部的严重失衡，必然导致整体制化调控机制与局部内部的自我调控机制之间的关系渐行渐远。
失去整体调控机制约束的局部组织，在与邪气的抗争中，一方面因得不到整体制化系统的营养补充，正气日益衰弱；另一方面又要与因饮食、空气、及不可防范的时行疾病持续性累积增加的毒邪作战，难免节节敗退。该“某”局部就在这种由常见病留下隐患时的“正虚邪恋状态”，在毒邪持续增加的情势下，逐步演化为“邪愈盛、正愈衰”的危险局面，所有被西医称为“病因目前尚不清楚”的免疫病，正是以原残留病邪的属性为种子；以各自隐藏的受伤害处为基地；以随内环境恶化持续为条件；以患者各自的禀赋差异为前提；一步步由亚健康状态转化为名目繁多、不胜枚举一般性免疫病。并在此基础上，随逐步推进的病理过程中日益累积增加的毒邪，对某局部受伤组织的反作用力的加速、加强，最后或先、或后，或迟、或早地达到了不同种类的免疫病，功能性量变的累积的临界点，变生成与原隐患病邪属性相统一的恶性免疫病。比如：各类癌症、再生障碍性贫血、系统红斑性狼疮、白塞氏综合症、免疫球蛋白低下等等说不清、也道不明的疑难病。
